Le salon Cordoue doit son nom aux panneaux de cuir qui le tendent, au milieu d’un décor de boiseries. Ses dessus de portes sont décorés par Georges Jeannin (1841-1925), peintre réputé pour ses fleurs délicates et particulièrement apprécié par Van Gogh. Situé au rez-de-chaussée et donnant directement sur le hall principal de la Fondation, le salon est entièrement modulable selon les demandes.
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Créé en 1985 par Mme Del Duca, le Prix de cancérologie, doté de 15 000 €, est remis chaque année à un chercheur français ou étranger de moins de 45 ans, travaillant en France, qui a par ses découvertes permis une avancée significative des connaissances des mécanismes cellulaires de transformation tumorale. Ce prix est attribué sur proposition de l’Académie des sciences après délibération de sa commission des prix.
Le Grand Prix d’archéologie est décerné sur proposition de l’Académie des inscriptions et belles-lettres pour aider au rayonnement de l’archéologie française en France et à l’étranger. Un jury ad hoc est composé tous les ans. Doté de 150 000 €, il est présidé par le Secrétaire perpétuel ou le Président de l’Académie des inscriptions et belles-lettres et se réunit selon un calendrier défini par le service des prix de cette même Académie. Il a son propre règlement.
Trois subventions annuelles, dotées chacune de 75 000 €, sont destinées à de jeunes équipes françaises – le chef d’équipe devant être âgé de moins de 45 ans dans l’année d’attribution du prix – conduisant des projets de recherche dans les domaines définis annuellement (chimie, biologie cellulaire et moléculaire, génomique, biologie intégrative, biologie humaine et sciences médicales et leurs applications).
Le Grand Prix scientifique récompense un chercheur français ou européen et son équipe, présentant un projet de recherche ambitieux sur un thème prometteur précisé chaque année. Doté de 275 000 €, il est attribué par la Fondation sur proposition de l’Académie des sciences. Le jury, composé selon le thème retenu, est présidé par un Secrétaire perpétuel ou le Président de l’Académie des sciences. En 2019, le Grand Prix scientifique a récompensé Madame Brigitte Senut, paléontologue au Muséum national d’Histoire naturelle et en 2020 Monsieur Gérard Eberl, qui mène des travaux sur les symbioses à l’Institut Pasteur à Paris.